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南昌大学是国家“双一流”计划世界一流学科建设高校、教育部与江西省部省合建高校、国家“211工程”重点建设高校、江西省高水平大学整体建设高校。学校现设有人文学部、社科学部、理工一部、理工二部和医学部，拥有哲、经、法、教、文、史、理、工、农、医、管、艺等12个学科门类，3个国家重点（培育）学科，22个博士学位授权一级学科，3个博士专业学位授权类别，11个博士后科研流动站；51个硕士学位授权一级学科，30个硕士专业学位授权类别。学校设有5所直属附属医院，共有9个国家临床重点专科。学校的化学、临床医学、农业科学（食品科学与工程为主）、工程学、材料科学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、分子生物学和遗传学等8个学科进入ESI世界排名前1%。其中农业科学（食品科学与工程为主）进入ESI世界排名前1.02‰，临床医学进入ESI世界排名前2.2‰，化学进入ESI世界排名前2.68‰。在全国第四轮学科评估中，食品科学与工程学科评估等级为A，位列全国第3名。学校在2021第三方权威机构学术排名中进入全球前400位。
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自1952年全国高校院系调整后，东南大学就开始招收研究生，20世纪50年代后期至60年代初期共招收研究生117人，1978年恢复招收研究生。1981年实施学位条例后，首批获学士、硕士、博士学位授予权；首批建有博士后流动站的单位；首批进入国家“985工程”和“211工程”；2017年进入一流大学建设高校A类名单；是自行审批博士和硕士学位授予权、自行审定增列博士生指导教师的试点单位；首批获准招收和培养工程硕士生；首批获准开展工程博士专业学位授予工作。1986年4月经国务院批准试办研究生院，1996年3月经国家教委批准，正式建立研究生院。东南大学与国内许多重点高校一样，已成为我国研究生教育与培养的一个重要基地。
